1998年6月、初代の「阿里山神木」が自然倒伏（人工倒伏）によりその劇的な歴史に幕を閉じて以来、「阿里山香林神木」と「巨木群遊歩道（巨木群棧道）」が園内を代表する最も注目のランドマークとなりました。

現在、阿里山国家森林遊楽区内には「神怡橋」を境界として、2つの区間の巨木群遊歩道が整備されています。

第一期巨木群遊歩道：「千歳ヒノキ」を起点とし、「神木遺構（神木駅）」を終点とする全長600メートルのコースです。高架木製デッキと点状セメント基礎を組み合わせた環境負荷の少ない工法（生態工法）で建設され、途中には3つの高架木造橋が架けられています。胸高直径約5〜12.1メートル、樹高25〜42メートルに及ぶ20本のタイワンヒノキ（紅檜）の巨木を鑑賞でき、1998年11月の完成以来、雄大なヒノキ林の絶景を楽しめる散策路として親しまれています。

第二期巨木群遊歩道：2001年より整備されたコースで、「神怡橋」を起点とする全長418メートルの散策路です。原生ヒノキ林を縫うように伸び、沿線には16本のタイワンヒノキの巨木が点在しています。中でも「28号巨木」は樹高43.5メートル、幹周（胸囲）13.1メートルを誇り、巨木群遊歩道の中で最も巨大で最も樹齢の古い巨木です。

毎年3月中旬を迎えると、遊歩道沿いにモリシシャクナゲ（森氏杜鵑）が一斉に咲き誇り、天高く聳えるヒノキ林を華やかに彩ります。山々に立ち込める幻想的な雲海と相まって、阿里山フラワーシーズン（花季）ならではの魅惑的な光景を作り出します。